Un premier concert de Noël a été présenté le 19 décembre 1993 en l'église Saint-Charles-Borromée. Les 48 musiciens présents laissaient déjà entrevoir, par leur prestation et par leur enthousiasme, un avenir prometteur. Dès lors, le concert de Noël devint une tradition, qui se perpétua au fil des ans.
Depuis la première année, chaque fin de saison a vu son concert annuel. Le premier, le 28 avril 1994, eut lieu sous le thème « Musiques en famille », s'harmonisant, de cette façon, avec la thématique de la semaine des Arts de la ville de Charlesbourg. La même année, l'Harmonie offre un concert au Jardin zoologique de Québec, participe à l'ouverture des Olymbourgs et aux festivités de la fête de la Saint-Jean-Baptiste à Charlesbourg.
Outre les concerts de Noël mettant en scène uniquement les musiciens de l'Ensemble, l'Harmonie s'associa, le 17 décembre 1995, avec les chœurs « Mille et un sons » et le « Chœur des aînés », regroupant ainsi plus de 100 choristes. Le concert, intitulé « Joie de Noël », mettait aussi en vedette le baryton Bernard Levasseur, originaire de Charlesbourg. Au cours de cette même année, l'Harmonie s'associa avec l'Ensemble Vent et Percussion de Québec, réunissant ainsi plus d'une centaine de musiciens lors du concert « Musiques de films et de scènes » présenté le 26 novembre. La même année, l’Harmonie remporta le 1er prix en classe Senior B au Festival des Harmonie du Québec à Sherbrooke, de même que le 1er prix en lecture à vue niveau III.
Dès sa fondation, l'Ensemble a eu la chance d'accueillir dans ses rangs de jeunes musiciens de grand talent. Afin de mettre ceux-ci en valeur, le chef François Dorion mit au programme de nombreux concertos et proposa même au public un Concert soliste le 23 mars 1996. Plusieurs instruments y furent à l'honneur, tels la clarinette, la flûte, le cor et même la batterie. Un ensemble vocal a capella, formé de musiciens de l'Ensemble, donna le coup d'envoi à ce concert. Le concert « Festival en Musique » fut présenté le 28 avril 1996, et à l’occasion du temps des Fêtes, l’Harmonie présenta « Oui, le Père Noël existe » le 15 décembre 1996.
Cette année-là, en plus du concert « Harmonie de Charlesbourg » du 7 juin 1997, plusieurs prestations furent présentées. On a pu voir l’Harmonie à son Concert sous les Étoiles » et se produire aussi sur les Plaines d'Abraham de Québec, au kiosque Edwin-Bélanger. Pour la traditionnelle fête de Noël, le public eut droit à la magie musicale de l'Harmonie sous le thème-titre « Féerie de Noël » le 20 décembre.
Cette année, la section des percussions a été, par le choix du répertoire, à l'honneur! Un concert en particulier reste gravé dans la mémoire du public et des musiciens : « Africa ». Lors de l'interprétation de la pièce-titre, le public fut invité à monter sur scène et à se tenir parmi les musiciens, ce qui en impressionna plus d'un, notamment à cause de la prestation spectaculaire des percussionnistes... et du chef d’orchestre! Par la suite, l'Harmonie présenta en décembre, un concert de Noël aux accents jazzés, « Noël Swing ».
Le 24 avril 1999, l'Harmonie et Les Petits Chanteurs de Charlesbourg, en collaboration avec la Ville de Charlesbourg, ont produit un concert de grande envergure au Palais Montcalm, à Québec, intitulé « Anges ou Démons ». Le comédien Edgar Fruitier assura l'animation de la soirée, laquelle fut présidée par l'Honorable Lise Thibault, lieutenant-gouverneur du Québec. Un répertoire à la mesure de l'événement fut à l'affiche, comprenant notamment des extraits du « Carmina Burana » de Carl Orff. Puis le traditionnel concert du temps des Fêtes fut présenté le 15 décembre 1999 sous le thème « Tout ça pour Noël », comprenant un répertoire varié alliant musique latino-américaine et pièces de répertoire pour orchestre d’harmonie, sans oublier les populaire airs de Noël.
Le concert du mois de mai 2000 eut lieu sous le thème « Roméo et Juliette ». Les musiciens et leur chef voulurent alors illustrer en musique la passion musicale extraordinaire les unissant, celle d'un public fidèle et, surtout, celle présente dans leurs interprétations au fil des ans.
Le concert de Noël, présenté le 16 décembre 2000, fut donné en hommage à un célèbre compositeur de musiques de films : John Williams. « Redécouvrez John Williams » permit à l'Ensemble d'atteindre de nouveaux sommets. Un jeune violoniste fut invité en tant que soliste dans la pièce La liste de Schindler, et le public pu entendre entre autres Four Symphonic Themes et Star Wars Saga.
L’Harmonie se fait par ailleurs un devoir de s’impliquer dans la communauté, c’est pourquoi pendant cette année, elle participa à trois concert-conjoints avec des harmonies scolaires, des concerts qui, en plus d’êtres des activités pédagogiques, étaient des soirées bénéfices.
Le 5 mai 2001 fut l'aboutissement d'une année extraordinaire pour L'Harmonie de Charlesbourg. En effet, c'est lors de cette journée que l'on célébra le lancement du premier disque de l'Ensemble, AFRICA & Rythmes du Sud, y présentant un concert du même nom. Le lancement eut lieu dans le hall de la salle Paul-Eugène-Jobin du cégep de Limoilou, en présence des musiciens et du fidèle public de l’Ensemble.
Puis, l'Harmonie reçut, le 15 décembre 2001, monsieur Jan Van der Roost, compositeur de pièces pour orchestres d’harmonie d’origine belge. Lors d'un concert au Montmartre canadien, l'Harmonie de Charlesbourg a joué deux de ses pièces originales, Ponte Romano et Orion, qui ont été interprétées pour la première fois en Amérique. Cet événement laissa aux musiciens un souvenir mémorable.
L’année 2002 en suivait une remplie d’émotions et précédait celle du 10e anniversaire (2003-2004). Elle débuta avec le concert de fin de saison « Il était une fois… » lors duquel plusieurs compositions de Robert W. Smith furent interprétées. Puis le concert de Noël du 21 décembre, sous le thème « Noël en couleur » a été l'occasion de revenir aux classiques pièces de Noël d'antan, ponctuées de compositions originales pour harmonie et d'arrangements jazzés. C'est donc dans la pérennité que s'ouvraient les portes vers notre dixième anniversaire…
Le printemps 2003 se termina par un concert de fin d’année sous le thème de la découverte des richesses musicales du monde. « Autour du monde » Puis en ce début de saison du 10e anniversaire, l’Ensemble présenta un concert où tous les musiciens revêtirent des costumes de l’époque médiévale. En novembre, « Amours, musique et troubadours » fut l’occasion de présenter un éventail de compositions originales pour orchestre d’harmonie, ponctué d’une animation théâtrale qui ramena public et musiciens au temps des chevaliers et des châteaux forts.
Puis le 24 avril 2004, l’Ensemble offrit pour son 10e anniversaire « Tableaux d’une exposition » au Capitole de Québec. Lors de ce concert, tous se remémorèrent en musique les grands moments des 10 ans d’histoire. Le 24 juin, l’Harmonie débuta une nouvelle collaboration avec l’Harmonie des Cascades de Beauport en se produisant à la première édition du festival des harmonies de Beauport à l’agora de la maison Girardin. L’Ensemble ne présenta pas de concert de Noël cette année là.
C’est en grand que l’Harmonie débuta l’année 2005 en offrant le concert « Regards d’enfance » le 30 janvier. Furent entendues différentes musiques pour enfants tirées de films et de contes tels le Roi Lion, la suite symphonique d’Harry Potter et Le Carnaval des animaux. Le 30 avril, « Lumières du rock » fit revivre les souvenirs de la musique rock et populaire des années 70 et 80. En juin, l’Ensemble donna à nouveau un concert au festival des harmonies de Beauport. L’année se termina dans une apothéose! Le 10 décembre, l’orchestre accueillit pour la seconde fois maestro Jan Van der Roost qui nous fit l’honneur de diriger la pièce que lui avait commandée l’Ensemble. C’est ainsi que Kebek : Rhapsodie boréale fut présentée en première mondiale. Ce poème symphonique illustre la beauté des paysages de Québec à travers nos quatre saisons. Vous pouvez entendre l’enregistrement de cette pièce sur le disque Appassionato. Maestro Van der Roost dirigea également au cours de ce concert plusieurs autres de ses compositions telles Arsenal, Algona Overture et Christmas Time. Cette soirée restera gravée dans la mémoire des musiciens présents…
Le 29 avril, l’Harmonie invita son fidèle public à un « Embarquement immédiat » et présenta son répertoire en vue de sa tournée en France, dont le départ était alors prévu pour le 1er juillet. L’Ensemble présenta avant son départ en France un concert dans le cadre du festival des harmonies de Beauport. À la fin de l’année 2006, l’Harmonie présenta son concert du temps des Fêtes intitulé « Le rêve du Pirate ».
Au printemps 2007, l’Harmonie enregistra son second disque. Une session intensive à la salle Françoys-Bernier du Domaine Forget de Saint-Irénée donna Appassionato, qui fut lancé le 20 juin avant le concert, devenue une tradition, au festival des harmonies de Beauport. Auparavant, en avril, l’Ensemble donna son concert du printemps, avec entre autres Les voyages de Gulliver, Mazury Rhapsody et Algona Overture. Le concert du temps des Fêtes fut présenté le 8 décembre sous le thème « Vents des fêtes ».
Pour son 15e anniversaire, l’Harmonie présenta son concert de fin d’année, intitulé simplement « 15e anniversaire », le 26 avril. L’Ensemble interpréta son répertoire sélectionné pour son second voyage en France, cette fois sous le soleil de la Côte d’Azur. Le départ de ce voyage eut lieu le 22 juin, quelques jours après le concert annuel donné au Festival des Harmonies de Beauport. Invitée au Festival Les Anches d’Azur dans la ville de La Croix Valmer, l’Harmonie donna quatre concerts en quatre jours et conquit le public français. Le concert du temps des Fêtes eut lieu le 6 décembre au théâtre La Bordée.
Le concert « Héros et légendes » fut présenté le 25 avril, avec la participation d’un violoniste soliste, Simon Boivin, qui en mit plein les oreilles au public de l’Ensemble avec son violon électrique. Les héros d’enfance des petits et des grands furent illustrés en musique, tels Superman, Batman, mais aussi les rois et les chevaliers. Deux concerts estivaux furent donnés en juin : au Festival des Harmonies de Beauport et dans le cadre du lancement de la saison estivale du « Carré d’été » de l’arrondissement de Charlesbourg.